Il Gruppo HERA effettua controlli sulla qualità delle acque relativamente a tutte le fasi del servizio idrico integrato: acquedotto, fognatura e depurazione. L'attività di controllo delle caratteristiche igienico-sanitarie dell'acqua destinata al consumo umano si basa sul concetto di acquedotto inteso come insieme delle infrastrutture connesse a determinati impianti di produzione idrica. I requisiti di qualità dell'acqua sono garantiti attraverso un alto grado di sorveglianza esercitato sulle fonti d'approvvigionamento, l'uso di tecnologie e prodotti di alto livello per la potabilizzazione, la verifica costante del livello di prestazione degli impianti (controllo di processo) ed un'adeguata vigilanza sullo stato delle reti di distribuzione.

I controlli sulla qualità delle acque destinate alla produzione di acqua potabile e al consumo umano sono regolati dal decreto legislativo 152/2006 e dal 31/2001.
I controlli vengono distinti in controlli interni effettuati dal gestore del servizio idrico e controlli esterni svolti dalle AUSL. Tali controlli vengono effettuati presso i punti di prelievo delle acque superficiali e sotterranee da destinare al consumo umano, presso gli impianti di adduzione, di accumulo e di potabilizzazione e presso le reti di distribuzione.
Hera ha consolidato un piano di controllo di Gruppo che descrive le diverse tipologie di punti di campionamento, i parametri analitici ricercati e le relative frequenze. Lo sviluppo del piano tiene conto di linee di principio comuni per tutte le strutture operative territoriali: la caratterizzazione chimico fisica e batteriologica dell'acqua, il rispetto dei requisiti cogenti, la garanzia di fornire un prodotto di qualità ottimale. I controlli e le verifiche di idoneità effettuati alla captazione consentono di intervenire tempestivamente sospendendo, se necessario, il prelievo nel caso in cui le caratteristiche chimico-fisiche non rispondano ai requisiti di qualità attesi.
Tra le iniziative intraprese ai fini del miglioramento della qualità dell'acqua possiamo citare: l'ottimizzazione dei processi di chiariflocculazione, l'attivazione di nuovi impianti di disinfezione negli acquedotti di alcuni comuni pedecollinari e collinari, la messa a punto di sistemi di miscelazione statica del disinfettante immesso, la manutenzione straordinaria di alcuni impianti di produzione di biossido di cloro con l'installazione di sistemi di telecontrollo.